Kościół oraz krypta w kościele Przemienienia Pańskiego ze względu na położenie w zabytkowym centrum Krakowa, doskonałą akustykę i wyjątkową dekorację malarską tworzą wspaniałą przestrzeń do prezentowania utworów muzycznych i wokalnych. Dlatego miejsce to przyciąga wybitnych wykonawców i miłośników muzyki dawnej i współczesnej.

Od roku 2020 w kościele i w krypcie wystąpili między innymi: 

• Chór Polskiego Radia ‒ Lusławice,
• Chór w Kontakcie,
• Cracow Singers,
• Kwartet Smyczkowy DAFÔ,
• Patryk Filipowicz,
• Flores Rosarum,
• Nikodem, Maksymilian i Mikołaj Frach,
• Katarzyna Gabryś,
• Anna Gęgotek-Łojek,
• Aleksandra Honcel-Banek,
• Wassim Ibrahim,
  
• Maciej Lulek,
• LUUMS Chamber Choir z Leeds,
• Sheffield University Chamber Choir,
• Stanisław Łopuszyński,
• Barbara Łypik-Sobaniec,
• Tomasz Sobaniec,
• Jakub Tomir Staśto,
• Marek Szlezer,
• Mateusz Zubik.

Kościół i krypta goszczą wydarzenia festiwali: Muzyka w Starym Krakowie i Musica Divina oraz Nocy Cracovia Sacra.