Pierwszym instrumentem był pozytyw, który został umieszczony w kościele zapewne jeszcze w XVIII w., gdyż z 1822 r. pochodzi wiadomość o jego złym stanie. Wiadomo, że miał dwa miechy i drewnianą obudowę. W 1880 r. postanowiono zbudować dziesięciogłosowe organy, zlecając to zadanie Janowi Śliwińskiemu ze Lwowa, ale do realizacji nie doszło i budowę organów powierzono Antoniemu Sapalskiemu, który wykonał dziewięciogłosowy instrument oddany do użytku 3 listopada 1881 r. i zainaugurowany dziesięć dni później. Instrument składał się z 324 piszczałek cynowych, 108 ‒ drewnianych w manuale i 50 ‒ drewnianych w pedale. Miech był umieszczony poziomo na spodzie organów, a stół do gry ‒ z boku. Klawiatura manuału miała 54 klawisze, a basu ‒ 25. Instrument był strojony w stroju paryskim (435 MHz).
W czerwcu 1918 r. piszczałki prospektowe zostały wymontowane dla potrzeb wojska austriackiego. W 1920 r. organy przeszły gruntowny remont i w 1960 r. zostały zastąpione obecnym instrumentem.
Na podst.: P. Matoga, Antoni Sapalski (1822‒1890). Życie i działalność organmistrzowska na terenie Krakowa, Opole 2020.

Podstawowe informacje o obecnie używanym instrumencie:

- budowniczy: Henryk Siedlar,
- rok budowy: około 1960 r.,
- liczba głosów: 19 oraz dzwony,
- liczba klawiatur: 2 manuały (C-a3) i pedał (C-f1),
- traktura gry: pneumatyczna,
- traktura rejestrowa: pneumatyczna,
- wiatrownice: stożkowe,
- rezerwuary powietrza: miech jednofałdowy równoległy dla sekcji: I manuału i pedału + miech pływakowy dla sekcji II manuału.